太阳成8722

Hytran Biotechnology Co., Ltd.

如何预测蛋白质巴豆酰化位点


How to predict crotonylation sites on proteins


       巴豆酰化是一种动态可逆的蛋白质修饰，指将巴豆酰基团从巴豆酰辅酶 A 转移到蛋白质特定赖氨酸残基上的过程。巴豆酰化参与基因转录调控和DNA损伤修复，与肿瘤、胚胎发育、心血管疾病等密切相关。写入酶（p300/CBP/GCN5/HAT1/TIP60/K...

巴豆酰化修饰（Crotonylation）        巴豆酰化是一种动态可逆的蛋白质修饰，指将巴豆酰基团从巴豆酰辅酶 A 转移到蛋白质特定赖氨酸残基上的过程。巴豆酰化参与基因转录调控和DNA损伤修复，与肿瘤、胚胎发育、心血管疾病等密切相关。写入酶（p300/CBP/GCN5/HAT1/TIP60/KAT7/PCAF/MOF）催化蛋白质巴豆酰化，擦除酶（SIRT1-3/SIRT6-7/FO...

如何预测RNA假尿嘧啶化位点


How to predict pseudouridylation sites on RNA

       假尿嘧啶(Ψ)是尿嘧啶的旋转异构体，几乎存在于所有类型的RNA中。假尿嘧啶化是最丰富的RNA修饰，对RNA稳定性、RNA-RNA互作、RNA-蛋白质互作、RNA剪切、翻译和tRNA衍生片段（tRF）生成等发挥重要的作用。在研究RNA假尿嘧啶化之前，...

       假尿嘧啶化RNA免疫共沉淀（Ψ RNA immunoprecipitation，Ψ-RIP）是研究RNA假尿嘧啶化修饰的实验技术。其实验原理为使用抗假尿嘧啶抗体特异识别假尿嘧啶化RNA，形成抗体-RNA复合物，通过与免疫共沉淀相似的方法，使用琼脂糖微珠或磁珠捕获并富集抗体-RNA复合物，洗脱后利用qPCR或高通量测序分析获取的RNA。





技术流程概述：


1、细胞...

     O8G修饰RNA免疫共沉淀（O8G RNA immunoprecipitation，O8G RIP）是研究RNA O8G修饰的实验技术。其实验原理为使用抗O8G抗体特异识别O8G修饰RNA，形成抗体-RNA复合物，通过与免疫共沉淀相似的方法，使用琼脂糖微珠或磁珠捕获并富集抗体-RNA复合物，洗脱后利用qPCR或高通量测序分析获取的RNA。技术流程概述：1、细胞裂解与RNA提取组织...

      蛋白质甲基化是指将甲基通过酶促转移到蛋白质残基上，通常是赖氨酸或精氨酸。根据转移甲基的数量，赖氨酸残基可以发生单、双或三甲基化修饰，而精氨酸残基可以发生单甲基化或二甲基化修饰。组蛋白甲基化在调控染色质结构和基因转录活性中发挥重要的作用。非组蛋白甲基...

      在蛋白质修饰研究中，蛋白质上的修饰位点鉴定对于后续研究至关重要。蛋白质上的修饰位点鉴定具体流程如下。
技术流程概述：
1、生物信息学分析蛋白质上的修饰位点或质谱检测蛋白质上的修饰位点
利用生物信息学分析蛋白质上的修饰位点

如何预测蛋白质乳酸化位点


How to predict lactylation sites on proteins


       乳酸化/乳酰化是一种新近发现的与代谢相关的蛋白质修饰，指将来源于乳酸的乳酰基团通过酶促转移到蛋白质赖氨酸残基上。组蛋白乳酸化/乳酰化在调控基因转录活性中发挥重要的作用。非组蛋白乳酸化/乳酰化则参与调控蛋白质活性和互作。乳酸化/乳酰化writer蛋白（p...

在蛋白质与DNA、RNA以及蛋白质的互作研究中，蛋白质上的互作位点鉴定对于后续研究至关重要。蛋白质上的互作位点鉴定具体流程如下。



技术流程概述：


1、构建蛋白质截短体表达载体


把编码靶蛋白质的CDS序列按规律截短，然后将截短的CDS序列克隆到含标签的表达载体以构建蛋白质截短体表达载体。


2、转染蛋白质截短体表达载体到细胞


利用转染试剂把含标签的蛋白质截短体表达载体转染到...

在RNA与DNA、RNA以及蛋白质的互作研究中，RNA上的互作位点鉴定对于后续研究至关重要。RNA上的互作位点鉴定具体流程如下。



技术流程概述：


1、生物信息学分析RNA上的互作位点


利用生物信息学分别分析RNA上与DNA（详见“如何预测RNA与DNA的互作”）、RNA（详见“如何预测RNA与RNA的互作”/“如何预测lncRNA/sncRNA的靶基因”-“如何预测非编码R...

       8-氧代鸟嘌呤（O8G）修饰是RNA中鸟嘌呤碱基被活性氧氧化后产生的一种修饰，使鸟嘌呤（G）可与腺嘌呤（A）错配，导致转录过程中G>T突变。O8G修饰广泛存在于mRNA和非编码RNA中。mRNA上的O8G修饰会抑制翻译，miRNA上的O8G修饰可改变miRNA对靶mRNA识别，rRNA和tRNA上的O8G修饰会抑制蛋白质合成（图1）。O8G识别蛋白（Reader）包括AUF1...

       假尿嘧啶(Ψ)是尿嘧啶的旋转异构体，几乎存在于所有类型的RNA中。假尿嘧啶化是最丰富的RNA修饰，对RNA稳定性、RNA-RNA互作、RNA-蛋白质互作、RNA剪切、翻译和tRNA衍生片段（tRF）生成等发挥重要的作用。假尿嘧啶化是一个不可逆的过程，两类关键蛋白参与其中：假尿嘧啶合成酶（Writer），负责合成假尿嘧啶；修饰识别蛋白（Reader），负责识别假尿嘧啶并发挥作用...

      RNA乙酰化是指在N-乙酰胞嘧啶修饰酶催化下RNA的N4 位乙酰胞嘧啶发生乙酰化（ac4C），是一种普遍存在的转录后修饰，广泛存在于mRNA、tRNA、rRNA、snoRNA和非编码RNA中，对RNA稳定性和功能发挥重要的作用。RNA乙酰化最初在tRNA和rRNA中被鉴定，但最近RNA乙酰化研究重点则转移到mRNA。N-乙酰转移酶10（NAT10）是目前唯一发现的RNA乙酰转移...

        RNA甲基化是指将甲基基团共价添加到RNA核苷酸上的修饰方式，对RNA稳定性、定位、运输、剪切和翻译等发挥重要的作用。根据修饰位置，RNA甲基化类型分为m6A，m1A，m3C，m5C，m7G和2’-O-me等。RNA甲基化是一个动态调控过程，三类关键蛋白参与其中：甲基转移酶（Writer），负责将甲基基团共价添加到RNA核苷酸上；去甲基化酶‌（Eraser），负责把甲基基团...

        RNA修饰在细胞内的信号传导、功能调控等多个方面发挥着重要的作用。RNA的甲基化、乙酰化、假尿嘧啶化、O8G修饰等修饰因对基因调控的重要作用而备受关注。         上述RNA修饰可通过RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation，MeRIP）联合qPCR或高通量测序进行检测。其实验原理是首先利用特异性抗体识别假尿嘧啶化RNA，形成抗体-RNA复合物...

      邻位连接技术（Proximity Ligation Assay，PLA）是一种高灵敏度、高特异性的蛋白质相互作用检测技术。实验原理为使用两个种属不同且针对目标蛋白或者靶蛋白和翻译后修饰分子的特异抗体（一抗）分别结合目标蛋白或修饰分子，再由带有互补DNA序列的PLA探针（二抗）识别一抗，当两个目标蛋白空间距离足够近（通常小于40 nm）时，互补DNA探针在连接酶作用下形成环状DN...

      RNA凝胶滞留实验（RNA-EMSA，亦称RNA gel shift）是研究RNA与蛋白质相互作用的经典方法。实验原理为利用标记（生物素或同位素）的RNA探针与细胞提取物或纯化蛋白孵育，形成RNA-蛋白复合物后，在非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳。由于RNA-蛋白复合物的分子量大于游离RNA探针，迁移速率降低，在凝胶中出现滞后条带（shift band），从而指示蛋白质与RNA的结合...

     凝胶滞留实验（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是研究DNA与蛋白质相互作用的经典方法。实验原理为利用标记（生物素或同位素）的DNA探针与细胞核提取物或纯化蛋白孵育，形成DNA-蛋白复合物后，在非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳。由于DNA-蛋白复合物的分子量和构象大于游离DNA探针，迁移速率降低，在凝胶中出现滞后条带（shift ban...

      CUT&RUN（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease）与CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是近年来发展起来的靶向染色质分析技术，用于在全基因组水平上绘制组蛋白修饰、转录因子及染色质相关蛋白的结合位点图谱。CUT&RUN利用Protein A/G-MNase...

丙酮酰化是一种新近发现的与代谢相关的蛋白质修饰，指将丙酮酸共价结合到蛋白质赖氨酸残基上1。丙酮酰化参与调控基因转录和机体抗病毒免疫防御力。写入酶（HAT1/p300）催化蛋白质丙酮酰化，而擦除酶（SIRT3）则去除蛋白质丙酮酰化（图1）。