如何预测蛋白质巴豆酰化位点
How to predict crotonylation sites on proteins
巴豆酰化是一种动态可逆的蛋白质修饰，指将巴豆酰基团从巴豆酰辅酶 A 转移到蛋白质特定赖氨酸残基上的过程。巴豆酰化参与基因转录调控和DNA损伤修复，与肿瘤、胚胎发育、心血管疾病等密切相关。写入酶（p300/CBP/GCN5/HAT1/TIP60/K...
如何预测RNA假尿嘧啶化位点
How to predict pseudouridylation sites on RNA
假尿嘧啶(Ψ)是尿嘧啶的旋转异构体，几乎存在于所有类型的RNA中。假尿嘧啶化是最丰富的RNA修饰，对RNA稳定性、RNA-RNA互作、RNA-蛋白质互作、RNA剪切、翻译和tRNA衍生片段（tRF）生成等发挥重要的作用。在研究RNA假尿嘧啶化之前，...
蛋白质甲基化是指将甲基通过酶促转移到蛋白质残基上，通常是赖氨酸或精氨酸。根据转移甲基的数量，赖氨酸残基可以发生单、双或三甲基化修饰，而精氨酸残基可以发生单甲基化或二甲基化修饰。组蛋白甲基化在调控染色质结构和基因转录活性中发挥重要的作用。非组蛋白甲基...
如何预测蛋白质乳酸化位点
How to predict lactylation sites on proteins
乳酸化/乳酰化是一种新近发现的与代谢相关的蛋白质修饰，指将来源于乳酸的乳酰基团通过酶促转移到蛋白质赖氨酸残基上。组蛋白乳酸化/乳酰化在调控基因转录活性中发挥重要的作用。非组蛋白乳酸化/乳酰化则参与调控蛋白质活性和互作。乳酸化/乳酰化writer蛋白（p...
利用PhosphoSitePlus等网页工具预测蛋白质琥珀酰化位点
泛素化是指泛素（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下对靶蛋白进行特异性修饰的过程。该过程具体如下：在ATP水解供能的情况下，酶E1粘附在泛素分子尾部的半胱氨酸（Cys）残基上激活泛素，接着活化酶E1将激活的泛素分子转移到结合酶E2上，...
如何预测蛋白质磷酸化位点How to predict phosphorylation sites on proteins磷酸化是最常见的蛋白质修饰，对蛋白质和细胞功能发挥着的关键的调控作用。磷酸化主要发生在丝氨酸（Ser），苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）。在研究蛋白质磷酸化之前，如果能先预测蛋白质磷酸化位点，后面的研究将事半功倍。本文将讲解如何预测蛋白质磷酸化位点。
RNA甲基化是指将甲基基团共价添加到RNA核苷酸上的修饰方式，对RNA稳定性、定位、运输、剪切和翻译等发挥重要的作用。在研究RNA甲基化之前，如果能先预测RNA甲基化位点，后面的研究将事半功倍。本文将讲解如何预测RNA甲基化位点。
DNA甲基化是指将甲基基团共价添加到DNA胞嘧啶、腺嘌呤或鸟嘌呤上的修饰方式，对转录调控、染色体结构维持、X染色体失活和印记基因失活等发挥重要的作用。在研究DNA甲基化之前，如果能先预测DNA甲基化位点，后面的研究将事半功倍。本文将讲解如何预测DNA甲基化位点...
内源或外源小分子常通过靶向或结合蛋白质发挥作用。因此，探寻靶向或结合蛋白质的小分子对于机制研究十分重要。本文将讲解如何挖掘靶向或结合蛋白质的小分子。
蛋白质互作对于蛋白质发挥功能至关重要。因此，预测蛋白质与蛋白质的互作对于机制研究十分重要。本文将讲解如何预测蛋白质与蛋白质的互作。
The interaction of protein and protein is cruci...
RNA需要与蛋白质协同合作发挥作用，且RNA与蛋白质两者间可相互调控。因此，预测RNA与蛋白质的互作对于机制研究十分重要。本文将讲解如何预测RNA与蛋白质的互作。
RNA与RNA的互作包括编码RNA与编码RNA的互作，编码RNA与非编码RNA的互作以及非编码RNA与非编码RNA的互作。预测编码RNA与非编码RNA的互作可看“如何预测miRNA的靶基因”，“如何预测tsRNA的靶基因”以及“如何预测lncRN...
转录因子与靶基因启动子结合是最常研究的蛋白质与DNA的互作。本文通过探索TP53基因启动子上人STAT3结合位点讲解如何预测蛋白质与DNA的互作。
长链非编码RNA（lncRNA）可通过结合靶基因启动子调控靶基因转录。因此，lncRNA与靶基因启动子互作的预测对于lncRNA功能研究十分重要。本文将讲解如何预测lncRNA与靶基因启动子的互作。
Long non-coding RNA (...
除了微小RNA（miRNA），长链非编码RNA（lncRNA）和小非编码RNA（sncRNA）还可通过与其他靶标（包括mRNA，rRNA和sncRNA）互作发挥作用。因此，靶基因预测对于lncRNA/sncRNA的研究十分重要。本文将讲解如何预测l...
多种非编码RNA(ncRNA)，包括长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）和小非编码RNA（sncRNA），都通过与微小RNA（miRNA）互作发挥作用。因此，靶miRNA预测对于非编码RNA的研究十分重要。本文将讲解如何预测非...
微小RNA（miRNA）是一类小非编码RNA（sncRNA），参与调控mRNA干扰和降解。因此，靶基因预测对于miRNA的研究十分重要。本文将讲解如何预测miRNA的靶基因。
如何预测tsRNA的靶基因How to predict targets of tsRNA 转运RNA（tRNA）衍生的tsRNA（tRNA-derived small RNA）是一类新型的小非编码RNA（small non-coding RNA, sncRNA），参与调控mRNA干扰、稳定性和翻译。因此，靶基因预测对于tsRNA的研究十分重要。本文将讲解如何预测tsRNA的靶基因...
如何预测蛋白质SUMO化位点How to predict SUMOylation sites on proteinSUMO化是指在一系列特殊的酶作用下SUMO（small ubiquitin-related modifier）蛋白与靶蛋白赖氨酸残基共价结合的过程。SUMO化是一个动态可逆的过程，具体如下：首先SENP对SUMO蛋白的C末端氨基酸进行水解，数个氨基酸暴露双甘氨酸残基形成成熟的S...